######转录组差异分析实习######
if (!require("BiocManager", quietly = TRUE))
  install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("DESeq2")
library(DESeq2)
setwd("C:\\Users\\37761\\Desktop\\R语言\\大实习")
data=read.csv("mRNA_exprSet.csv")
rownames(data)=data[,1]                         #将第一列作为总行名
data=data[,-1]                                  #删除第一列
data1=data[rowSums(data) != 0,]            #删除基本不表达，表达样本数为0的基因
colData1=data.frame(row.names=colnames(data1))       #创建colData1,其总列名为dataDESeq1的总行名
condition=colnames(data1)                   
condition1=substring(condition,14,15)                     #获取“01”，“11”字符
colData1[,1]=unlist(condition1)                           #为第一列填充数据
colnames(colData1)[1]="condition"                         #设置列名
colData1[colData1=="01"]="肿瘤"                           #将"01"值代替为"肿瘤"
colData1[colData1=="11"]="正常"

dds=DESeqDataSetFromMatrix(countData=data1,
                           colData=colData1,
                           design=~condition)
dds1=DESeq(dds)
res=results(dds1)
write.csv(res,"result.csv")
res2=subset(res, padj < 0.05 & abs(log2FoldChange) > 1)  #获取符合条件的行的集合 subset()
write.csv(res2,"result1.csv")    
#储存文件




